Двести лет человечество ведёт Вечную Войну против Эфириалов — таинственной расы телепатов, чьи армии генетически изменённых солдат и флоты псионических кораблей опустошают человеческие миры одну за другой. За два столетия непрерывной борьбы за выживание Системный Альянс под руководством организации XCOM превратился в параноидальную, жестокую и технологически чудовищную военную машину, где плазменное оружие, псионика, боевые ИИ и легионы генетически созданных солдат-мутонов стали нормой, а мир — лишь короткой передышкой между сражениями.

В 2157 году исследовательский корабль "Галилео" в сопровождении эсминца "Хопеш" активирует бездействовавшее Масс-реле 314 и сталкивается с патрульным флотом Турианской Иерархии во главе с адмиралом Гаем Моро, который, приняв мощные сканеры человеческих кораблей за глушение и уверенный в превосходстве технологий Цитадели, отдаёт роковой приказ атаковать примитивную, по его мнению, расу. "Хопеш" защищает отступающий "Галилео", уничтожая несколько турианских кораблей энергетическим оружием, прежде чем погибнуть в таране с подрывом элериумного ядра, но успевает предупредить колонию Шаньси о вторжении, запуская механизм тотальной мобилизации.

На Шаньси генерал Уильямс и майор Окомбе из местного подразделения XCOM готовят оборону против турианского десанта под командованием генерала Десоласа Артериуса, который ожидает лёгкой победы над дикарями, но вместо этого его легионы сталкиваются с кошмаром: лазерное и плазменное оружие, силовая броня, боевые мехи SPARK, невидимые дроны и союзные мутоны превращают каждый квартал колонии в кровавую мясорубку, где технологическое превосходство турианцев в тяжёлой технике компенсируется ожесточённым сопротивлением людей, знающих цену выживания. Несмотря на героическую гибель генерала Уильямса и переход к партизанской войне, колония медленно падает под натиском превосходящих сил Иерархии.

Пятый Флот XCOM под командованием адмирала Кастани Дрешер прибывает к Шаньси и в космическом сражении полностью уничтожает объединённые турианские силы, используя превосходство в дальности энергетического оружия и массированное применение истребительских эскадрилий, пока азарийская матриарх Бенеция, прибывшая с дипломатической миссией, наблюдает за сокрушительным разгромом Иерархии и осознаёт ужасающую правду: галактика Цитадели только что столкнулась с цивилизацией, для которой война — не политика, а состояние души, и теперь эти закалённые в двухсотлетнем аду монстры смотрят на остальную галактику глазами тех, кто знает лишь один закон — выживает сильнейший.