Обычное пробуждение оборачивается кошмаром наяву: сознание человека из другого мира открывается в теле трёхлетнего Наруто Удзумаки — и тут же осознаёт весь ужас положения. Деревня, ненавидящая мальчика как демона, голод, одиночество и впереди целая жизнь, полная войн и врагов вроде Акацуки, Кагуи и коварного старика Данзо. Спасением оказывается странная Система, разворачивающая перед глазами игровой интерфейс: характеристики, навыки, инвентарь и магазин, где за ворованные монеты можно купить бутылку воды или — в теории — редкую кровную линию, будь на неё деньги. Не питая иллюзий насчёт человечности жителей, герой быстро осваивает карманные кражи, учится управлять чакрой и хитростью выменивает у будущего Третьего Хокаге уроки ниндзюцу в обмен на жареную рыбу и обещание звать его дедушкой.
Постепенно вокруг него складывается собственная маленькая семья — Ино, Шикамару, Тёдзи и Сакура становятся первыми настоящими друзьями. Но истинная сила приходит не из додзё, а из библиотек: герой обнаруживает, что унаследовал сразу две редкие родословные — Удзумаки и Намиказе, а вдобавок делит тело с чакрой Девятихвостого. Пока деревня по-прежнему провожает его косыми взглядами, он тайно превращается в мастера печатей, изобретая техники, каких не было даже в оригинальной истории, и присматривается к тому, насколько этот мир на самом деле похож на тот, что он помнил. Совсем скоро ему предстоит переступить порог Академии — и там, среди будущих легенд, продолжать носить маску обычного мальчишки с демоном внутри.
