Неудачный эксперимент переносит Землю из вселенной G.I. Joe и Трансформеров на сорок тысяч лет в будущее, в мрачную галактику Warhammer 40,000, где фанатичный Империум Человечества уничтожает любые отклонения от своей догмы без раздумий. Чтобы избежать неминуемой "очистки огнем", мировые лидеры организуют грандиозную аферу, выдавая планету за давно утерянный имперский мир "Органитрон", который тысячелетиями хранил верность Императору, а в качестве имперской десятины вместо миллионов солдат предоставляют элитный спецотряд G.I. Joe как сверхэффективный полк, способный заменить целые армии.

Соломон "Айронхайд" Савелла, гениальный инженер, вынужденный маскироваться под техножреца Адептус Механикус, вместе с другими членами отряда, среди которых профсоюзный лидер с Экскалибуром и эксперт по контр-колдовству с магией из мира пони, отправляется на планету Кавитус, осажденную орками. Используя неортодоксальные тактики, передовые технологии и безупречную командную работу, они демонстрируют подавляющую эффективность, уничтожая орочьи аэродромы и спасая имперских штурмовиков, но параллельно сталкиваются с тёмной стороной Империума: коррупцией, жестокостью и политическими интригами коррумпированных офицеров, готовых пожертвовать миллионами ради собственной выгоды.