Ши Сюй умирает в одном мире и открывает глаза в другом — в теле безымянного мальчишки, бродящего по разорённой войной Стране Дождя. Он почти ничего не помнит о «Наруто», кроме того, что где-то впереди есть деревня Конохагакуре и мальчик по имени Узумаки Наруто, которому суждено стать Хокаге. Но до этой истории ещё далеко: клан Узумаки уже уничтожен, а сам он — просто голодный, одичавший ребёнок, которого случайно подбирает молодая Цунаде и увозит с собой в Коноху под именем Узумаки Токи.

В доме Сенджу его ждёт новая семья — вспыльчивая и заботливая Кушина, старая Узумаки Мито — и первая странность: чакру он раскрывает не за дни, а за считаные секунды, обгоняя даже вундеркинда Хатаке Какаши. Цунаде реагирует на это слишком нервно для простого удивления — и постепенно читателю становится ясно почему: она сама хранит память о другой жизни, где этот же мальчик однажды бесследно исчез из деревни и погиб, а теперь твёрдо намерена не повторить прошлую ошибку.

В школе ниндзя Токи сходится с юными Какаши, Обито, Рин и Майто Гаем, спорит сам с собой над противоречиями кодекса ниндзя и на собственной коже узнаёт цену метания кунаев. А на его ладони проступает странная печать, происхождения которой не может объяснить даже Кушина — признанный мастер техник запечатывания.