Майлз — студент-вирусолог, до одержимости увлечённый видеоигрой Prototype, — засыпает глубокой ночью перед защитой диплома, так и не выключив компьютер с игрой. Открыв глаза, он обнаруживает себя в переулке Нью-Йорка две тысячи девятого года: без единого признака холода, с чужими рефлексами в собственном теле и первым же уличным хулиганом, растворившимся у него на руках в жёлтой биомассе. Мир вокруг оказывается тем самым заражённым городом из любимой игры, только сам герой — не сторонний наблюдатель, а новый носитель вируса, причём заметно более совершенного, чем у знакомого по игре Алекса Мерсера.

Освоившись с новым телом — без органов, без усталости, зато с безграничным запасом биомассы, способностью принимать любой облик и создавать собственных чудовищ, — Майлз выходит на первую встречу с самим Мерсером. Он излечивает его от смертельной опухоли, взамен выторговав туманное обещание объединить гибнущий город любой ценой, и скрывается под прозвищем Жёлтый Свет. Когда военные решают стереть заражённый район ядерным ударом, Майлз вступает в бой с элитным охотником, чтобы дать Мерсеру время обезвредить боеголовку, — но взрыв застаёт его врасплох, разгоняя собственную эволюцию героя до неконтролируемого предела. То, что должно было стать очередным скачком силы, оборачивается катастрофой планетарного масштаба: биомасса Майлза расползается по всей Земле, поглощая всё живое без остатка.

От человека, каким он был, не остаётся почти ничего — только сознание, зависшее над мёртвой планетой и снедаемое новой, куда более пугающей жаждой: не выживания, а бесконечной эволюции. Наблюдая за рождением и гибелью бесчисленных цивилизаций, он постепенно превращается в нечто вроде равнодушного бога — пока однажды не находит расу, которая наконец оправдывает его надежды, и чью судьбу он снова не сможет оставить без вмешательства.