Когда неудачный эксперимент Крэнга разрывает ткань реальности, Черепашки-ниндзя оказываются в мире, где правят не технологии, а чакра и древние кланы ниндзя. Выброшенные в окрестности Деревни Скрытого Листа, Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело сталкиваются с совершенно новым видом воинов — шиноби из Конохи, включая неудержимого Наруто Узумаки и его товарищей.

Но их столкновение — лишь прелюдия к настоящей угрозе. Таинственный и могущественный враг, известный как Повелитель Стихий, стремится поглотить природную энергию обоих миров, чтобы обрести божественную силу. Черепашкам и ниндзя Конохи предстоит преодолеть свои различия и недоверие, объединив сталь и ниндзюцу, науку и чакру. Этот хрупкий альянс станет последней надеждой двух миров в битве, где на кону стоит само существование их реальностей.