Скрытая деревня Лист, спустя шесть лет после рождения Наруто. У ручья на закате сидит нелюдимый мальчик по имени Шакья — сын погибшего во время нападения Девятихвостого учихи и бывшей куноити, красавицы, что после смерти любимого посвятила себя единственному сыну. Мать не знает, что в теле её тихого, послушного ребёнка живёт сознание из другого мира, помнящее ниндзя-истории лишь обрывками, зато цепко удерживающее осторожность и недетское терпение. Скрывая истинные силы даже от самых близких, Шакья учится всему, чему мать готова его научить, — от шиноби-ремесла до многого сверх обычной программы, — и с тревогой наблюдает, как её тревога растёт вместе с его способностями. Когда мать объявляет, что должна покинуть его на долгие годы, отправившись на загадочную миссию, мальчик понимает: дело не в деньгах и не в долге перед деревней, а в нём самом — в крови клана Учиха, что течёт в его жилах, и в опасности, которую эта кровь представляет для клана и для тех, кто правит деревней из тени. Решив, что прятаться больше нельзя, он открывает матери подлинную мощь, накопленную годами тайных тренировок, и та в последний вечер перед разлукой доверяет ему техники совсем другого уровня. Едва она уходит, тело Шакьи охватывает необъяснимая трансформация: пробуждается третий, не вполне материальный глаз, чакра сливается с энергией природы, а привычные пределы человеческого тела начинают стремительно раздвигаться — и мальчик остаётся один разбираться, что с ним происходит, и готовиться защитить мать, чего бы это ни стоило.