История начинается с Хигашикавы Шиничи, сироты войны, переродившегося в суровой Деревне Скрытого Песка без какой-либо выдающейся родословной. Ему с трудом удаётся выжить и окончить Академию Ниндзя, но впереди его ждёт лишь незавидная участь пушечного мяса на полях сражений. Однако в день выпуска в нём пробуждается таинственная система.