После провала выпускного экзамена, кражи запретного свитка и первого в жизни убийства — которое он никогда не сможет забыть, — Наруто Узумаки просыпается совсем другим человеком. В его сознании включается загадочная Система поддержки ниндзя: экран статов, квесты, уровни, инвентарь — вся жизнь деревенского неудачника вдруг превращается в игру, где силу и умения можно прокачивать напрямую, а не годами оттачивать мастерство.

Вместе с системой к вечному двоечнику приходит небывалая ясность мысли: он впервые начинает рассуждать логично, замечать то, что раньше проходило мимо, и хладнокровно разбираться в устройстве мира вокруг себя. Изучая новую способность наблюдения, он находит под собственным столом чужую печать для скрытой записи разговоров — доказательство, что кто-то в деревне давно и незаметно следит за джинчурики Девятихвостого. Тренируясь днями напролёт с помощью армии теневых клонов, он за считаные часы осваивает то, на что у обычных ниндзя уходят месяцы, и начинает открывать в статусе системы куски правды о себе: чудовищные запасы чакры и живучесть клана Узумаки, истинную природу печати, удерживающей Девятихвостого, и намёки на то, что его несообразительность в академии была не случайной.

Когда Наруто выкладывает свои подозрения Третьему Хокаге, старик не может списать всё на детскую фантазию — слишком много совпадений указывает на то, что кто-то в деревне манипулировал будущим джинчурики годами. Так тихий и неприметный до сих пор мальчишка начинает собственное расследование, за которым, кажется, стоит нечто большее, чем деревенская нелюбовь к лисьему демону внутри него.