Шоу Такахаши — богатый японский старшеклассник-отаку, наследник крупной компании, у которого нет друзей, зато есть личная библиотека из тысяч томов манги и стойкая привычка придирчиво разбирать сюжеты любимых тайтлов. В очередной раз перечитывая историю о Наруто, он в красках возмущается тем, как бездарно герой растратил свой потенциал — верные, но бесполезные друзья, нераскрытая сила, слепота к чувствам Хинаты. Заснув с этими мыслями, он просыпается не дома, а в пустом белом пространстве перед загадочным стариком, который сообщает: земная жизнь окончена, а за исключительный интеллект герою полагается особая награда — выбор одного из нескольких миров аниме для перерождения. Не раздумывая, Шоу выбирает мир Наруто и выторговывает себе три желания: собственное карманное измерение со всей мангой мира, игровую систему статуса с уровнями и достижениями и ещё одно измерение для тренировок.

Так он оказывается в теле новорождённого Наруто Узумаки — с сознанием взрослого человека, чакрой Девятихвостого, запечатанной в нём в ночь гибели родителей, и возможностью читать собственные характеристики, будто в игре. Уже младенцем он тайно осваивает контроль чакры, хождение по стенам и по воде, а мир вокруг оказывается не совсем таким, каким он его помнил: Рин жива, а рядом с ней — выживший Обито, чьё чудесное спасение тесно связано с Мадарой Учихой, всё ещё копящим силы в тени. На плече мальчика проступает загадочная метка со словом «бог», о значении которой старик отказывается говорить, а сам герой с недетской расчётливостью тренируется и исподволь сводит Обито и Рин друг с другом, вынашивая куда более амбициозный план — стать шиноби, которого невозможно победить.