История разворачивается в знакомом мире шиноби и поначалу почти не отступает от привычных событий: ночь у Ируки, украденный свиток и предательство Мизуки. Наруто снова оказывается в лесу, разрываясь между страхом и желанием помочь наставнику, а обманщик-чунин требует отдать запретные техники в обмен на лживое обещание звания генина. Но когда Ирука готов принять удар гигантского сюрикена, всё меняется: в глазах мальчика вспыхивает незнакомый узор — три томоэ, но не привычно алые, а пугающе белые. За долю секунды реального времени Наруто ловит противника в иллюзию, где для того тянутся долгие часы одиночества и боли, и Мизуки падает без сознания, сломленный собственным разумом. Сам Наруто, потративший на эту технику все силы, теряет сознание следом. Прибывшие ниндзя возвращают свиток на место, а истощённых героя и учителя уносят в больницу — с этого момента и начинается настоящая история о мальчике, который выжил ценой пробуждения силы, о происхождении которой пока не знает даже он сам.