Аннотация Двадцать лет под гнетом Альянса превратили Землю в умирающую планету, где Барни работает под прикрытием в Гражданской Обороне Сити-17, а Сопротивление огрызается, но силы неравны. Однажды ночью все меняется: на улицах города появляются не зомби и не солдаты Альянса, а загадочные пришельцы — маленькие серые существа с огромными черными глазами из старых уфологических баек, вооруженные плазмой, сжигающей все на своем пути, которые воюют как с людьми, так и с Альянсом. Пока Барни пытается доставить труп инопланетянина ученым через каналы, уклоняясь от патрулей и пришельцев, маскирующихся под людей, на прибрежном аванпосте Сопротивления полковник Одесса Каббедж вступает в контакт с другой фракцией — Эфириалами в мантиях, владеющими псионикой и предлагающими союз против Альянса, демонстрируя свою силу уничтожением Ганшипа. В это же время другой отряд Сопротивления под командованием Джона Брэдфорда совершает рейд на аванпост Альянса и обнаруживает человека в стазис-капсуле — капрала Адриана Шепарда, солдата HECU, пропавшего в Черной Мезе двадцать лет назад, которому таинственный G-Man сообщает о расторжении "контракта", оставляя его на произвол судьбы в мире, который проиграл войну не тем пришельцам. Администратор Уоллес Брин, под давлением Альянса, инициирует проект "XCOM" — создание элитных кибернетических МЕК-труперов с использованием трофейной технологии Meld для борьбы с новыми захватчиками. Три фракции пришельцев, две фракции людей и один морпех из прошлого, который просто хотел домой.
