Коноха времён Второй войны шиноби не бывает ласкова к тем, кто ей не нужен. Мальчик по имени Рё рождается в один день со своей сестрой-близнецом, но отца уже нет в живых, а мать умирает через несколько минут после родов; сестру забирает чужая семья, а сам он остаётся безымянным в переполненном войной приюте, где сирот держат впроголодь и разбирают на инструменты для кланов и тайной службы. Детство Рё — это выживание в буквальном смысле: подпольный эксперимент, где детей заставляют убивать друг друга ради чужого оружия, отравленная еда и кунай, который однажды придётся направить в сердце другого ребёнка, чтобы остаться в живых. Он выходит из этого ада почти без души, презирает деревню, которая его вырастила, и не подпускает к себе никого — пока в академии его не находит гордая и добрая Микото Учиха, ставшая единственным светом в его тьме.
Дальше — путь гения, которого боятся сильнее, чем уважают: рекордно быстрый выпуск из академии, своя команда с верной Хьюугой Хотари и легкомысленным Яманакой Сёдзи, наставник, который учит их держаться друг за друга, и война, забирающая этих людей одного за другим. Рё влюбляется, теряет, хоронит и снова идёт в бой, попутно становясь старшим братом для маленького Обито и находя странную нежность к крошечному Итачи Учиха. Чем сильнее он становится, тем громче о нём говорят как об одном из самых опасных шиноби деревни — и тем меньше остаётся тех, ради кого стоит побеждать.
