Обычный парень из наших дней приходит в себя посреди заброшенной станции метро — тяжёлый экзоскелет Монолита на теле, пулемёт, дробовик и под сто килограммов снаряжения в рюкзаке, и ни одного воспоминания о том, как он сюда попал. Мир вокруг оказывается тем самым метро 2033 года: выжженная радиацией поверхность, голодные мутанты в тоннелях и станции-государства, готовые убить чужака за тёплую куртку. Вскоре герой получает объяснение — таинственный голос через старый телефон сообщает, что его забросили сюда ради одной задачи: не дать погибнуть герою этого мира, а взамен после успеха обещают неограниченную силу и жизнь в любой вселенной по собственному выбору. Пугающая особенность его новых способностей в том, что он может призывать обратно всех, кого убьёт здесь — и мутантов, и людей, — а затем через жестокий ритуал памяти превращать их в покорных бойцов личной армии.
Скрываясь под видом обычного сталкера, герой попадает в плен к Ордену Спарты, проходит суровую школу выживания вместе с новыми товарищами по несчастью, чудом остаётся жив после первой вылазки на поверхность и постепенно понимает, что подчиняться чужим приказам — не его путь. Он собирает собственное войско из возрождённых бандитов и наёмников и отправляется на поиски легендарной Реки Судьбы — прохода к мифическому Изумрудному городу, спрятанному государству, о котором в метро ходят одни слухи. Пробившись во главе отряда через кишащее призраками подземное течение, герой находит университетские станции, отрезанные от остального метро загадочными кровоточащими картинами, из которых рвётся нечто куда более страшное, чем обычные мутанты, — и решения этой головоломки пока не находится ни у кого.
