События разворачиваются после первой части игры, Айзек Кларк выполнивший свою миссию по уничтожению Красного Обелиска на планете Эгида-7, в конце концов улетел на межзвёздном корабле в бескрайний космос, используя технологию варп он перемещается на огромное расстояние, однако внезапно что-то пошло не так, произошел сбой в системе, и системные координаты сбились, а корабль перемещает его в неизвестное пространство.
