Молодой парень, домосед и любитель компьютерных игр, отправляется с однокурсниками на пикник и проваливается в яму, которой не было на дороге. Яма оказывается разрывом пространства: герой попадает в крошечный замкнутый мирок без гравитации и света, где кроме мусора, стянутого туда неведомой силой, нет ничего живого. Среди обломков ему попадается странный оплавленный кусок металла — и когда тот случайно раскалывается, из него вытекает вещество, заживо растворяющее героя в мучительной агонии. Но смерть оборачивается новым рождением: он приходит в себя уже не человеком, а колонией разумных клеток-бактерий, способных менять форму, срастаться в любое тело и обмениваться информацией мгновенно. Вместе с новым телом ему достаются обрывки памяти древнего инопланетянина — хозяина того самого металлического обломка, — а с ними и основы странной физики, которую земляне назвали бы чистой магией.
Пять лет герой проводит взаперти, разбираясь в устройстве своего тела и законах этой науки, пока не находит способ вырваться в полноценную вселенную. Большая часть его клеток разлетается по космосу, но заметная доля оседает на обитаемой планете — в мире шиноби, где кланы владеют чакрой, а страны балансируют на грани новой большой войны. Приняв облик рыжеволосого члена клана Узумаки, герой без труда проходит сквозь пространственную защиту скрытого селения Водоворота и предлагает главе клана сделку: взамен на кров и работу он готов выполнять для деревни особые поручения, оставаясь при этом кем-то куда более странным и опасным, чем обычный шиноби.
